ホームページ作成する場合、何を売るか、あるいは情報を提供するかに大きく２つに分かれると思います。
売る場合、商品を掲載しますから、商品の品揃え、仕切り価格、在庫把握、ユニークな商材であることなどが重要です。売れ筋の商品で仕切りが安ければネット販売も可能ですが、リピート顧客ができるかが問題です。
ショップ経営ですから、アフィリエイト掲載はなるべく避けた方が望ましいとおもわれます。

もう一方の情報を提供する場合は、アフィリエイト掲載が適しています。
ＨＰのテーマに沿ったアフィリエイトを掲載しましょう。